生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。它既不是传统的有机肥，也不是单纯的菌肥，是二者的有机结合体，它是以自然中的有机物为基质，配合适量的营养元素，还含有特定的功能微生物，这是该类产品的本质特征。其有机质载体大多为各种作物秸秆、矿源腐植酸（泥炭、褐煤、风化煤）、畜禽粪便、生活垃圾等有机废弃物。所含有的微生物表现出一定的肥料效应，如具有增进土壤肥力、制造和协助农作物吸收养分、活化土壤中难溶的化合物供作物吸收利用等功效，或可产生多种活性物质和抗菌抑制病害物质，对农作物的生长有良好的刺激与调控作用，可减少或降低作物病虫害的发生，以及改善农产品品质。

生物有机肥的作用机理有以下几个方面：

1、生物有机肥富含有机营养和无机养分

生物有机肥是在微生物作用下通过生物化学过程生产出的肥料，因此，其中含有氨基酸、蛋白质、糖、脂肪、胡敏酸等各种有机养分。生物有机肥还含有一定量的氮、磷、钾、钙、镁、硫及微量元素，同化肥相比，具有不偏肥、不缺素、稳定供应、长效等特点。

2、生物有机肥富含各种生理活性物质

生物有机肥中添加了特定的功能菌，生物有机肥中含有维生素、氨基酸、核酸、吲哚乙酸、赤霉素、辅酶、腐植酸及多种有机酸等生理活性物质，这些物质能够刺激作物根系生长，提高作物的光合能力，作物根系发达，生长健壮。腐植酸能与磷形成络合物，有效防止土壤对磷的固定，容易被作物吸收，还能将土壤中的无效磷活化。微生物酵素堆肥过程中有机物分解产生的草酸、酒石酸、乳酸、苹果酸、乙酸、柠檬酸、琥珀酸等有机酸对难溶性的磷具有较强的活化作用。此外，生物有机肥还含有抗生素类物质，能提高作物的抗病能力。

3、生物有机肥具有肥效缓释作用

在酵素堆肥过程中，微生物的繁殖吸收了化肥中的无机氮和磷，转化成菌体蛋白、氨基酸、核酸等成分，一部分极易挥发的氨被微生物增殖过程中产生的代谢产物如有机酸所固定，部分氨则被有机废弃物的降解产物如黄腐酸（FA）、腐植酸（HA）等所固定。部分矿质养分被吸持在微生物的荚膜中，如硅酸盐细菌荚膜和菌体吸收钾的功能使得钾的流失量减少一半。部分有机态氮包括微生物菌体在土壤中再经矿化转变为可以被作物直接吸收利用的无机含氮化合物，从而达到缓释效果，减少化肥流失，提高化肥利用率。

4、生物有机肥富含有益微生物菌群

一生物肥都含有酵母菌、乳酸菌、纤维素分解菌等有益微生物，而加入功能菌的生物有机肥还可能含有固氮菌、磷细菌、钾细菌、光合细菌、假单胞菌等一些根际促生菌（PGPR）。这些菌除了具有产生大量生理活性物质的能力外，有的还具有固氮、解磷、解钾的能力，有的具有抑制植物根际病原菌的能力，有的可能具有改善植物根际微生态环境的能力。如光合细菌能显著改善土壤中的微生物区系，使土壤中的固氮菌、放线菌、根瘤菌等的数量增加，土壤中的真菌数量减少。固氮菌的增殖增进了土壤微生物固氮，增加了土壤中生长刺激素和病菌抑制物的含量；放线菌的增殖有利于清除和防治有寄生性真菌引起的植物病害；根瘤菌的增加有利于豆科植物结瘤固氮。